中心前身是1987年由畜产品加工、卫生检验、果蔬贮藏加工等实验室组建的农产品加工实验室，1988年归属食品科学系后更名为“食品工艺实验室”。1995年学校分析测试中心部分划归食品科学系，与食品工艺实验室成为食品科学与加工实验教学的主要载体。2004年“农产品加工及贮藏工程”实验室获批四川省教育厅高校重点实验室。2009年以后先后设立食品工艺实验室、食品质量安全实验室（合并分析测试中心）、食品包装与储藏实验室。进入新时代，按照高等教学改革的新形势、新要求，2018年根据人才分层培养和创新发展的需要，设立“食品学科公共实验平台”。2019年设立四川农业大学食品工程实训中心。2021年6月获批食品科学与工程省级实验教学示范中心（四川农业大学）。2023年设立四川农业大学食品学院实验室管理中心，至此按照“食品111”实验室体系组建为功能齐备、设备先进、管理完善、运行良好的实验室管理中心。

中心实施校、院两级管理，设立中心管理委员会，实行主任负责制，设主任1名，由学院教学院长兼任，全面负责中心总体事务；设教学督导组，负责理论和实验教学质量监督保障。下设实验管理中心主任1名，副主任3名，分别负责食品加工与质量控制实验室、食品科学与营养实验室、食品工程实训中心的日常管理事务。中心的实验教学团队现有教师61人，其中专任实验技术人员5人。45人具有博士学位，23人拥有海外留学经历，11位博士生导师、39位硕士生导师；15名教授，9名副教授；1人教育部长江学者特聘教授，1人享受国务院政府特殊津贴，3名四川省学术带头人，4名获“天府人才”称号，7名省学术与技术带头人后备人选，形成了一支师德师风好，学术水平高，职称年龄结构合理的教师队伍。中心是集实验教学、工程实训、创新创业训练、科学研究、社会服务为一体的校院两级管理机构，实验内容涵盖食品工程、食品质量与安全、食品营养、食品贮藏包装、食品科学等专业领域，可承载从食品原料评价、加工贮藏、品质分析、食品营养与健康、功能性食品包装材料与包装设计的实验教学及科学研究工作，是目前四川省功能最为齐全的食品科学与工程综合实验中心。